Memasuki tahun baru 2017, program studi (Prodi) Ilmu Aqidah jurusan Ushuluddin STAIN Kudus berubah nama menjadi Prodi Aqidah dan Filsafat Islam (AFI). Program studi yang telah diberikan ijin operasionalnya oleh diktis pada 2012 yang lalu merupakan prodi yang memiliki peluang besar untuk mencetak para sarjana yang memiliki kompetensi dalam masalah Aqidah dan Filsafat Islam yang mampu memberikan alternative dan solusi atas berbagai problem kehidupan dan sosial berdasarkan keilmuan.

Perubahan nama prodi ini sesuai dengan nomenklatur Program Studi Pada Perguruan Tinggi Keagamaan Islam (PTKI) dengan nomor PMA 33 Tahun 2016. Berubahnya nama ini tidak merubah tujuan awal dari didirikannya prodi ini. Menurut Kepala Program Studi Aqidah dan Filsafat Islam Irzum Farihah menegaskan bahwa “Berubahnya nama prodi semakin memperkaya khazanah dan pengetahuan mahasiswa untuk menghadapi tantangan zaman. Prodi ini tidak akan merubah tujuan awal dan terus istiqomah untuk mencetak generasi yang dapat memberikan solusi atas problem kehidupan dan sosial berdasarkan basis keilmuan”